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1591 est encore une année de guerre entre Genève et la Savoie, mais la région est tellement dévastée que les armées ne peuvent plus s'y nourrir et ont quitté les lieux, et la ville si épuisée qu'elle ne peut profiter de la situation et doit se replier sur elle-même en implorant le secours de ses amis (Bèze écrit nombre de lettres en ce sens). Les opérations militaires ont lieu en Provence ou en Dauphiné.
De la France devrait venir le secours, mais Henri IV, aux prises avec la Ligue, ne peut rien faire. Et les Suisses ? Leur équilibre confessionnel est si précaire qu'ils ne peuvent aider efficacement les Genevois sans le mettre en péril. Quant à Bèze, soucieux de maîtriser les ennemis de la bonne doctrine, il s'attaque à Lescaille, le trublion de l'Eglise française de Bâle, et à son inspirateur Aubery.
Cette lutte pour le vrai sens de la justification et de la sanctification rejoint celle qu'il conduit contre les « moyenneurs » de France (ceux qui espèrent ramener la paix confessionnelle en ce pays grâce à des concessions doctrinales), car les uns et les autres tendent à rejoindre le semi-pélagianisme de l'Eglise romaine.