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Ab 1180 wurde das verkleinerte Bayern als Territorialherzogtum von den Wittelsbachern regiert, die bis zum Ende der Monarchie 1918 an der Macht blieben. 1214 fiel auch die Pfalz von den Welfen an die Wittelsbacher. Bayern erlebte von 1255 bis 1503 eine Periode zahlreicher Teilungen in Einzelherzogtümer. Kurz vor der Wiedervereinigung erlangte Ludwig IV. 1328 als erster Wittelsbacher die Kaiserwürde, was für Bayern einen neuen Höhepunkt der Macht bedeutete.
Gleichzeitig löste sich jedoch das Fürsterzbistum Salzburg endgültig vom Mutterland Bayern. Im Hausvertrag von Pavia von 1329 teilte Ludwig den Besitz in eine pfäl-zische Linie mit der Rheinpfalz und der später so genannten Oberpfalz und in eine altbayerische Linie auf. Die von ihm neu hinzugewonnenen Gebiete Brandenburg, Tirol, die nieder-ländischen Provinzen Holland, Seeland und Friesland sowie der Hennegau gingen unter seinen Nachfolgern sehr bald wieder verloren.
Tirol fiel 1363 an die Habsburger, Brandenburg 1373 an die Luxemburger. Mit der Goldenen Bulle 1356 ging die Kurwürde für die altbayerische Linie an die der Pfalz verloren.
Nach dem Aussterben der altbayerischen Linie der Wittelsbacher entstand 1777 das Doppel-Kurfürstentum Kurpfalz-Bayern unter der Regentschaft des Kurfürsten Karl Theodor aus der pfälzischen Linie der Wittelsbacher.